Любовные треугольники и узы дружбы в военное время не являются чем-то новым для кинематографа, но главными героями «Секретов войны» являются голландские школьники Туур и хромой Ламберт, которые проводят лето 1943 года в лесу, играя во вражеских солдат, а также отбиваясь от хулиганов и занимаясь домашними делами. Всё быстро меняется, когда начинается учебный год и их дружба становится неразлучной троицей с новой ученицей Маартье, с которой они делятся секретом о пещере, где прячутся члены сопротивления, а она делится своим секретом только с одним из них. Мальчики вскоре начинают враждовать, когда отец Ламберта, симпатизирующий нацистам, становится мэром города, а отец Туура запрещает ему общаться с Ламбертом (который также наживает себе новых врагов из числа старых друзей в школе). Когда Туур узнаёт, что его брат Лео присоединился к сопротивлению, он рискует всем, чтобы защитить свою семью и двух лучших друзей, пока нацисты обыскивают город в поисках беглецов, инакомыслящих и евреев.