Лара Крофт с трудом сводит концы с концами, работая курьером на велосипеде в Лондоне. После стычки с полицией во время гонки с коллегами ей настоятельно рекомендуют вступить во владение имуществом своего отца. Он пропал без вести пять лет назад, и теперь его собираются официально объявить умершим, а его значительные деловые активы выставить на продажу. Адвокат даёт Ларе коробку, в которой находится устройство, ведущее её в потайную комнату в семейном склепе. Там она находит оставленное отцом послание, в котором объясняется, что он искал легендарный остров Яматаи у берегов Японии, место захоронения Химико, Королевы Смерти. Лара отправляется в Гонконг, где находит Лу Вэня, капитана корабля, который отвёз её отца на остров, и платит ему, чтобы он отвёз её туда. Они терпят кораблекрушение во время шторма и оказываются на острове, где Лара попадает в плен к Матиасу Фогелю, агенту Ордена Троицы, организации, одержимой поиском оккультных артефактов. Матиас использует записи отца Лары, чтобы найти вход в гробницу. Сбежав, Лара находит своего отца живым на острове. Матиас заставляет их открыть гробницу. Внутри они находят саркофаг Химико и ряд смертельных ловушек, ожидающих их.